La FCEyN cuenta con 12 Subunidades, algunas de las cuales tiene dependencia exclusiva de la UNMdP y otras que tienen doble o triple dependencia, compartida con otros organismos nacionales.
Estas Subunidades son:
Centro Marplatense de Investigaciones Matemáticas – CEMIM
Departamento de Biología
Departamento de Ciencias Marinas
Departamento de Educación Científica
Departamento de Física
Departamento de Matemática
Departamento de Química y Bioquímica
Instituto de Geología de Costas y del Cuaternario – IGCyC
Instituto de Investigaciones Biológicas – IIB
Instituto de Investigaciones Físicas de Mar del Plata – IFIMAR
Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras – IIMyC
Instituto de Investigaciones en Producción, Sanidad y Ambiente – IIPROSAM