La carrera de Doctorado en Ciencias se creó en 1986 (OCS 770/86). El Doctorado en Ciencias se desarrolla en las áreas: Biología, Física y Química y es de modalidad personalizada. Desde 2009 cuenta con el Doctorado en Matemática, de modalidad semiestructurada (OCS 1800/21).
Cada estudiante del Doctorado desarrolla sus proyectos de Tesis Doctoral bajo la supervisión de quien tome a su cargo la Dirección en los grupos de investigación que pertenecen a los Departamentos e Institutos de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales así como también en otras Instituciones externas a la Facultad como el INIDEP, FIBA, Facultad de Ciencias Agrarias, INTA, INTEMA, entre otras.
Cada una de las Carreras de Doctorado tiene una Comisión de Doctorado. Estos organismos, nombrados por el Consejo Académico, son responsables de todos los aspectos académicos que hacen a una Tesis Doctoral, así como todos los aspectos relacionados con los cursos de posgrado.