La Facultad de Ciencias Exactas y Naturales es conducida por su Decano y Vice Decano, quienes son elegidos por el Consejo Académico, y son a su vez quienes designan responsables de cada una de las Secretarías y Subsecretarías correspondientes según se detalla en el apartado de Autoridades.
De acuerdo al Estatuto de la UNMdP en su artículo 65, la FCEyN está constituida por distintas Subunidades, en este caso, Departamentos, Institutos y Centros de Investigación.
Toda la actividad de la FCEyN está soportada en las distintas Áreas Administrativas que la componen.